Только после выхода на экраны «Тайны третьей планеты» в Институте востоковедения узнали, кто скрывается под псевдонимом Кир Булычев. Опубликовав свой первый рассказ в 1961 году, писатель больше двадцати лет боялся, что его могут уволить за столь несерьезное для научного сотрудника занятие.Только потому, что Роман Качанов был звездой «Союзмультфильма» и автором серии мультиков о Чебурашке, ему разрешили сделать полнометражный мультфильм. Для обычного режиссера это было бы практически невозможно.Через шестнадцать лет после выхода мультфильма на экраны Кир Булычев написал одноименный рассказ для детей младшего возраста, который опубликовал в 1997 году.«Тайна третьей планеты» была продана для проката за границу и имела там неплохой успех. В США Алису озвучивала Кирстен Данст, а Говоруна — Джеймс Белуши.Во время создания «Тайны третьей планеты» были применены передовые технологии. Чтобы добиться правдоподобных движений персонажей, в самых сложных эпизодах снимали сначала актеров, а уже потом их прорисовывали.Художница Наталья Орлова жила в одном подъезде с Киром Булычевым, и именно писатель послужил прототипом к образу капитана Зеленого.