За несколько лет до выхода фильма проекту практически уже был дан зелёный свет. Режиссёром и исполнителем главной роли должен был стать Антонио Бандерас, а автором сценария Энрике Урбизу. Первоначальным выбором на роль Иниго Бальбоа, которая в итоге досталась Унаксу Угальде, был Гаэль Гарсия Берналь. Одна из ролей в проекте была предложена Леонор Уотлинг, которая отклонила предложение. Роль Мартина Салданы должен был сыграть Антонио Ресинес, но по несчастью за несколько недель до начала съёмок актёр попал в автомобильную аварию. Он был вынужден в течение долгого времени передвигаться с помощью костыля, и ему срочно пришлось подыскивать замену. В качестве компенсации Антонио Ресинесу была предоставлена возможность появиться в картине в небольшой роли офицера мушкетёров в финальном сражении. Картина основана на серии романов испанского писателя Артуро Переза-Реверте. Идея написания книг на эту тему родилась у него, когда он обратил внимание, что в учебнике истории, по которому училась его дочь Карлота, историческому периоду 16-17-го веков, когда Испания была доминирующей сверхдержавой, посвящена всего лишь одна страница. Карлота, которой тогда было 12 лет, помогла отцу в исторических исследованиях по этому периоду, и первый роман из серии о Капитане Алатристе вышедший в 1996 году был издан с Артуро и Карлотой Перез-Реверте в качестве соавторов. На момент выхода фильма было опубликовано пять романов и в фильм вошли наиболее примечательные эпизоды каждого из них. С другой стороны, по словам автора, картина послужила источником вдохновения для его будущих произведений этого цикла. Испанский композитор Рок Баньос написал музыку к фильму, однако её фрагмент, который должен был звучать во время финальной сцены, был заменён похоронным маршем под названием «La madruga» написанным полковником Абелем Морено. Этот марш часто используется во время пасхальных процессий в Испании, и был призван придать сцене атмосферу страдания, неизбежности поражения и окончания жизненного пути. Такое решение вызвало заметное недовольство со стороны композитора, хотя написанная им музыка и была включена в саундтрэк фильма. С бюджетом в 24 миллиона евро (около 30 млн. долларов на тот момент) «Капитан Алатристе» стал самым дорогим испанским фильмом за всю историю. По словам режиссёра картины Аугустина Диаза Янеса этой суммы оказалось достаточно, чтобы снять крупнейший европейский проект, хотя в Америке её хватило бы разве что на полную ерунду. На роль инквизитора Эмилио Боканегра была приглашена женщина, опытная испанская актриса Бланка Портильо. Такое решение вызвало немало споров не столько потому что его могли посчитать проявлением неуважения по отношению к церкви, сколько из-за того, что многие кинозрители не увидели в этом ни малейшего смысла. Впоследствии режиссёр признался, что такая задумка у него возникла с самого начала, поскольку роль «Великого инквизитора» показалась ему слишком шаблонной, и он хотел внести свежий, менее узнаваемый элемент в неё. Как результат, в следующем фильме с участием актрисы «Возвращении» Педро Альмодовара (2006), Бланка Портильо вынуждена была носить очень короткие волосы, поскольку те были острижены для этой роли.